Stojkov przez niemal całą swoją dotychczasową karierę trenerską pracował z młodzieżą. Rozpoczął ja w sezonie 2007/2008, pracując z młodymi zawodnikami BC Zvezdary M-Invest. Przez kolejnych 8 lat rozwijał swoje umiejętności w pracy z juniorskimi ekipami wspomnianego wcześniej zespołu oraz BC Flash. W międzyczasie rozpoczął również współpracę z młodzieżowymi kadrami Serbii – najpierw był asystentem zespołu U-15, a w kolejnych latach pracował w starszych rocznikach. Wreszcie w 2017 roku był asystentem Vlada Jovanovicia w sztabie kadry U-18 swojego kraju, która wówczas wygrała EuroBasket w Słowacji.
Stojkov ma też doświadczenie w pracy z ekipami seniorskimi. W sezonie 2015/2016 próbował swoich sił jako główny szkoleniowiec BC Zemun, występującego wówczas w 1. Lidze w Serbii. Później wybrał nieco egzotyczny kierunek i wyjazd do Japonii, gdzie przez jeden sezon był asystentem trenera w Nishinomiyi Storks, występującym w lidze B2. Przed rokiem wrócił na Bałkany, gdzie objął funkcję pierwszego szkoleniowca Primorje 1945, drużyny na co dzień występującej w najwyższej klasie rozgrywkowej w Czarnogórze. Teraz poprowadzi pierwszoligowy zespół TBS Śląska II Wrocław.
